INGÉNIEUR DE RECHERCHE MICROBIOME DU BLÉ & PRATIQUES AGRICOLES F/H

Descriptif du poste

VetAgro Sup – Institut national d’enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l’environnement – est un établissement d’enseignement supérieur et de recherche sous tutelle du ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire. Nous recherchons un stagiaire INGÉNIEUR DE RECHERCHE MICROBIOME DU BLÉ & PRATIQUES AGRICOLES F/H

Dans un contexte de transition agroécologique, il devient urgent de développer de nouvelles stratégies permettant de limiter les maladies des cultures tout en préservant l’environnement. Le microbiome est aujourd’hui considéré comme un levier prometteur pour limiter l’impact des bioagresseurs sur les cultures (Jacquet et al.2022).

Il est maintenant bien connu que le microbiome du sol peut contribuer à limiter la production de l’inoculum primaire de l’agent pathogène situé dans le sol par des mécanismes de compétition et/ou de production de différents types de composés (Berendsen et al., 2012). De la même manière que pour le microbiome du sol, dans ce stage, il s’agira d’évaluer et d’expliciter la variabilité intra parcellaire de l’inoculum initial de F. graminearum à l’image de la cartographie réalisée dans les épis (Oerke et al. 2010, Xu et al. 2008) ou sur d’autres pathosystème (Houchen et al., 2025).

Le/la stagiaire participera à toutes les étapes du projet, de la campagne de terrain à l’analyse des données :

·       Échantillonnage de sols et racines sur un réseau de parcelles de blé de la plaine de la Limagne, caractérisées par leurs pratiques culturales et leur contexte pédologique.

·       Extraction et caractérisation du microbiome (ADN, séquençage, analyses bioinformatiques/statistiques).

·       Quantification du pathogène F. graminearum par qPCR et analyses spatiales.

·       Analyse intégrée des données : variabilité intra-parcellaire, influence des pratiques et des sols.

·       Participation à la valorisation scientifique (figures, rédaction, restitution en équipe).