24 Dordogne
Stage
Moins de 20 K€
Offre en ligne jusqu'au 20/12/2023
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Localisation à prévoir sur les deux sites pour des durées à définir en concertation avec le/la stagiaire :
• PHIM (Plant Health Institute of Montpellier), CIRAD TA A-54 K, Campus International de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5
• CTIFL de Lanxade, 28 route des Nébouts, 24130 Prigonrieux
Les phytoplasmes (bactéries sans paroi) sont l’origine de trois maladies endémiques en Europe sur les arbres fruitiers de la famille des Rosacées : l’enroulement chlorotique de l’abricotier (ECA) ou European stone fruit yellows (ESFY) ; la prolifération du pommier ou Apple Proliferation (AP) ; et le dépérissement du poirier ou Pear Decline (PD) [ref1]. Ces agents pathogènes peuvent être transmis aux plantes par greffage ou par insectes vecteurs, des psylles du genre Cacopsylla. Les arboriculteurs et pépiniéristes alarment depuis quelques années sur l’émergence de nouveaux cas de Pear Decline en France voire en Europe.
Depuis plus de 20 ans, l’ECA, l’AP et le PD ont fait l’objet de très nombreuses publications par plusieurs équipes de recherche européennes. En particulier, les travaux menés par les chercheurs INRAE de Montpellier permettent aujourd’hui de beaucoup mieux comprendre les modalités de la dissémination de l’ECA dans les vergers français et ainsi de gérer au mieux cette maladie (ex. réseau d’épidémiosurveillance pour suivre la dynamique de vols des psylles et déterminer les dates d’intervention en verger) [ref2, ref3, ref4, ref5]. Pour le Pear Decline, les cycles biologiques des psylles potentiellement vecteurs en France sont connus. Par contre, il existe très peu d’informations sur les espèces réellement vectrices, à quelque échelle du territoire français que ce soit. Cette information de base est essentielle car plusieurs espèces sont potentiellement vectrices sur poirier et certaines d’entre elles ont des cycles biologiques très différents. Ainsi, certaines sont quasi-strictement inféodées aux plantes cultivées alors que d’autres peuvent faire une grande partie de leur cycle de vie en dehors des vergers. Dans ce dernier cas, le milieu sauvage pourrait alors être source d’inoculum (bactérie hébergée dans des Pyrus sauvages) et d’insectes vecteurs.
Par des approches combinant des collectes de terrain et des études de laboratoire (caractérisations morphologique et moléculaire d’insectes, typage moléculaire du phytoplasme), le stage visera à :
- (i) Collecter et caractériser les espèces de psylle des Pyrus en France (et en particulier dans les bassins de production de poire) dans les vergers et dans les écosystèmes naturels ;
- (ii) Estimer la prévalence du phytoplasme (% échantillons positifs) responsable du PD dans des vergers cibles (sur poiriers avec ou sans symptômes et psylles capturés dans ces vergers), et dans des populations de psylles collectés à proximité des vergers dans le milieu sauvage ;
- (iii) Caractériser les variants génétiques du phytoplasme dans les vergers, les plantes hôtes sauvages et les psylles.
Ces connaissances acquises, il sera ensuite possible d’envisager de transposer la démarche conduite sur le pathosystème ECA (cartographie des occurrences [ref5], modélisation des aires de distribution avérées/potentielles, analyses de scénario épidémiques à différentes échelles spatiales [ref4], etc) pour une meilleure gestion du risque épidémique associé au Pear Decline (ambition du projet PHYDEMO [ref6]).
• sur insectes : accompagné.e de l’encadrant entomologiste-INRAE Montpellier, le/la stagiaire capturera des psylles dans des vergers cibles et dans le milieu sauvage environnant au cours de plusieurs campagnes de collectes organisées au printemps 2024 en France avec les partenaires du projet PHYDEMO. Les insectes seront identifiés morphologiquement puis typés avec des marqueurs génétiques pour confirmer l’espèce (gène COI et ITS2) et déceler la présence du phytoplasme (PCR avec des amorces spécifiques pour cette bactérie). Le/la stagiaire mettra en regard ses résultats avec les données de la littérature. En ce sens, il/elle pourra s’appuyer sur les travaux d’un.e stagiaire M1 dont l’objectif sera de faire un état de l’art aussi exhaustif que possible des connaissances sur les interactions biologiques psylles-phytoplasmes-plantes hôtes.
• sur plantes : lors des campagnes de captures de psylles, le/la stagiaire prélèvera des échantillons de poiriers avec ou sans symptôme dans les vergers choisis par les partenaires du projet PHYDEMO. Pour chaque verger des informations seront collectées pour alimenter une base de données (géolocalisation, variété, porte-greffe, pratiques culturales, symptôme(s), nombre d’arbres symptomatiques, etc.). Chaque échantillon plante sera typé moléculairement pour détecter la présence du phytoplasme.
Les extractions d’ADN (insectes et plantes) puis les analyses moléculaires seront réalisées au CTIFL de Lanxade. Le stage se déroulera donc sur deux sites distants en interaction étroite avec les deux équipes CTIFL et INRAE impliquées.
Le stage nécessitera une chaine de traitement dynamique des données, depuis leur collecte et leur stockage jusqu’aux analyses pour assurer la meilleure traçabilité possible des résultats. Cette démarche facilitera le transfert d’informations vers les partenaires du projet PHYDEMO, voire une communauté plus large. À ce titre, la base de données constituée fera l’objet d’un dépôt sur le site INRAE Dataserve pour une diffusion en Open Access.
Offre en ligne jusqu'au 20/12/2023.
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