ÉTUDE DE VARIANTS GÉNÉTIQUES DE BACTÉRIES PHYTOPATHOGÈNES EN LIEN AVEC LES SYMPTÔMES ET LES CONDITIONS CULTURALES F/H

Descriptif du poste

Les phytoplasmes des arbres fruitiers sont des bactéries à l’origine de maladies épidémiques sur les arbres fruitiers sur tout le territoire national et en Europe. Les dégâts peuvent être très importants en vergers. Si les principales maladies à phytoplasmes présentes sur le territoire français sont connues, en revanche peu d’informations sont disponibles concernant leur épidémiologie, leur distribution, les différentes souches génétiques présentes et les espèces de vecteurs associées (psylles). Dans le cadre du projet PHYDEMO (CASDAR AAP 2022 n°7430050), l’objectif est de caractériser plus précisément le phytoplasme responsable de la maladie du Pear Decline (PD) sur poirier. Les arboriculteurs et pépiniéristes alertent depuis plusieurs années sur l’émergence de nouveaux cas de PD en France voire en Europe.

L’étude proposée ici porte sur :

1)      l’état des lieux de la présence du phytoplasme du PD dans différents bassins de production et la caractérisation de la diversité génétique présente ;

2)      l’étude du lien entre la symptomatologie sur le terrain, la diversité des phytoplasmes et les facteurs agro-environnementaux.

Les travaux proposés s’inscrivent dans un projet plus large (projet PHYDEMO) et les points ci-dessus pourront être complétés selon les résultats obtenus.

Le stage est réalisé en intégration dans l’équipe du laboratoire de virologie et de biologie moléculaire du CTIFL (LVBM), spécialisé dans le diagnostic, l’épidémiologie et la symptomatologie des maladies à phytoplasmes.

Références bibliographiques indicatives :

Brans Y., Ballion S., Castaing J., Chamet C., Courthieu N., Lothion R., Lusetti A., Formez N., Fito L., Hostalnou E., Loiseau M., & Sauvion N. (2023). Les phytoplasmoses en vergers : de nombreux axes de recherche. Phytoma, 766, 27-30

Pear Decline – Fiche organisme nuisible réglementé. DRIAAF Ile de France https://driaaf.ile-de-france.agriculture.gouv.fr/IMG/pdf/fiche_pear_decline.pdf

Valentová, L., Bohunická, M., Rejlová, M., Suchá, J., Nečas, T., Eichmeier, A., ... & CMEJLA, R. (2022). A survey of ‘Candidatus Phytoplasma pyri’isolates in the Czech Republic based on imp gene genotyping. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca, 50(1), 12602-12602.

L’étude s’appuie sur les travaux réalisés dans le cadre du projet et vise à combiner les informations collectées sur le terrain depuis 2023 avec l’étude des échantillons stockés pour la mise en œuvre de protocoles au laboratoire (analyses de recherche du pathogène dans les échantillons, typage moléculaire du phytoplasme). 

Les objectifs sont les suivants :

• Estimer la prévalence du phytoplasme (% échantillons positifs) responsable du PD dans des vergers échantillonnés et à partir des échantillons collectés (sur poiriers avec ou sans symptômes) ;
• Caractériser les variants génétiques du phytoplasme dans les vergers.

Les résultats pourront être reportés visuellement dans des outils de visualisation et de cartographie pour aider à l’interprétation et à l’identification des risques épidémiques liés au PD (occurrences, aires de répartition sur le territoire, analyses multi-facteurs selon la zone géographique, l’âge des arbres la variété, etc.).