INGÉNIEUR(E) BIO-INFORMATIQUE F/H

Descriptif du poste

Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l’IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de la vigne de l’IFV/INRAE.

L’entreprise

L’Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d’apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à la filière vitivinicole française.

Rejoindre l’IFV, c’est prendre part à la transformation de la filière et aux enjeux du futur, agir activement dans la diffusion des résultats de recherche et d’expérimentation et partager son engagement RSE.

A Colmar, l’équipe rassemble des compétences en œnologie, technologies de séquençage à haut débit et dépérissements.

Missions : 

- Maintenance et évolution d’un pipeline Nextflow existant pour l’assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seq

- Développement d’analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).

- Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux

- Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM

- Mise en place et application d’un plan de gestion de données

- Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données