THÈSE : CONTRIBUTION DES FACTEURS PÉDOLOGIQUES, AGRONOMIQUES ET MICROBIOLOGIQUES SUR LA DYNAMIQUE DE L'INOCULUM PRIMAIRE DE F. GRAMINEARUM, PRINCIPAL AGENT CAUSAL DE LA FUSARIOSE DE L'ÉPI CHEZ LE BLÉ TENDRE F/H

Descriptif du poste

Entreprise :
VETAGRO-SUP

Avec le riz et le maïs, le blé fait partie des trois principales espèces végétales cultivées dans le monde et notamment en France, avec plus de cinq millions d’hectares dédiés à cette culture. Cette culture est soumise à une forte pression parasitaire. Les principales maladies qui touchent le blé sont la septoriose, la fusariose de l’épi et les rouilles, responsables en moyenne de 15 à 20 % de perte de rendement par an (Figueroa et al., 2018).

L’inoculum primaire est la source initiale de pathogène qui, combinée aux facteurs climatiques, est responsable de l’épidémie dans les parcelles. Cet inoculum est essentiellement inféodé à la parcelle pour la septoriose et la fusariose de l’épi, ou provient d’échelles plus larges (rouilles). Pour la fusariose de l’épi, causée par un complexe d’agents pathogènes dont Fusarium graminearum, l’incidence de l’épidémie est fortement corrélée aux conditions météorologiques ainsi qu’à l’abondance de l’inoculum primaire, c’est-à-dire la source initiale de contamination responsable de l’épidémie (Alisaac et al., 2023).

Il est donc important de caractériser les facteurs qui influencent la présence de cet inoculum primaire (en quantité et virulence) et sa répartition spatiale au sein des parcelles afin de limiter les dynamiques d’épidémies.

Ce projet de thèse part de l’hypothèse qu’une variabilité similaire des pathogènes en grande culture peut exister au sein des parcelles. Ce projet propose d’explorer la variabilité spatiale de l’inoculum primaire de Fusarium graminearum et d’explorer les facteurs pédoclimatiques, agronomiques et microbiologiques qui la déterminent dans des systèmes agricoles contrastés.

Missions :
Pour répondre à ces questions, un dispositif expérimental de parcelles commerciales sera construit sur la base d’une diversité de pratiques agricoles ayant un impact sur le microbiome du sol : gestion des résidus, labour, rotation.

• Réaliser un pré-zonage de l’hétérogénéité intra-parcellaire par l’analyse de séries temporelles.
• L’analyse de séries temporelles d’images multispectrales permet aujourd’hui de caractériser l’hétérogénéité spatiale en se basant sur le développement des couverts au sein des parcelles, hétérogénéité reliée à l’hétérogénéité des caractéristiques du sol (De Benedetto et al., 2013).
• Confirmer ce pré-zonage par une prospection pédologique, afin d’établir la carte de sol de chaque parcelle.
• Réaliser les prélèvements dans des zones présentant des types de sol variés.
• Analyser l’effet de la combinaison de pratiques sur différents types de sol.