MISE EN ROUTE ET VALIDATION D'UNE PLATEFORME DE PHÉNOTYPAGE HAUT DÉBIT POUR L'ÉTUDE DES RÉPONSES DES CULTURES FRUITIÈRES AUX STRESS ABIOTIQUES F/H

Descriptif du poste

Entreprise :
Le phénotypage des plantes constitue aujourd'hui un enjeu majeur pour la recherche agronomique et l'amélioration des cultures. Le développement de capteurs, de systèmes d'imagerie et de méthodes d'analyse automatisée permet de caractériser de manière non destructive et répétée la croissance, le développement et les réponses physiologiques des plantes à différentes contraintes environnementales.
Dans ce contexte, le Ctifl développe Fruitech, une nouvelle plateforme expérimentale dédiée au phénotypage moyen et haut débit des cultures fruitières, notamment en conditions contrôlées. Cette infrastructure doit permettre l'acquisition automatisée de données morphologiques, physiologiques et environnementales et leur intégration dans des chaînes de traitement permettant de caractériser la réponse du matériel végétal aux contraintes abiotiques.

Missions :
La mise en service de Fruitech nécessite aujourd'hui de développer, tester et valider les protocoles d'acquisition, de traitement et d'analyse des données, depuis la mesure réalisée par les capteurs jusqu'à l'extraction d'indicateurs biologiquement interprétables. Ce travail se situe ainsi à l'interface entre physiologie végétale, phénotypage, traitement de données et bioinformatique.
Un essai réalisé dans le cadre du projet MATCHA constituera un cas d'application permettant de tester la plateforme en conditions expérimentales réelles et de confronter les variables issues du phénotypage à des mesures physiologiques de référence ; il se fera en appui avec un autre étudiant.
Actions proposées pour 2027, adaptables en fonction de la formation :

• Réalisation d'une synthèse bibliographique sur les méthodes de phénotypage moyen et haut débit appliquées aux cultures fruitières et à l'étude des stress abiotiques : imagerie, capteurs, indicateurs morphologiques et physiologiques et méthodes de traitement des données.
• Prise en main et caractérisation des différents équipements de la plateforme Fruitech : compréhension des données produites par les capteurs, définition des conditions d'acquisition et identification des paramètres pertinents pour la caractérisation des plantes.
• Rédaction de procédures et recommandations d'utilisation de Fruitech : protocoles d'acquisition, règles de contrôle qualité, organisation des données et méthodes d'analyse.
• Développement et validation de la chaîne de traitement des données, depuis les données brutes jusqu'à l'extraction d'indicateurs phénotypiques : organisation des données, contrôle qualité, automatisation des traitements, extraction de variables et analyse statistique.
• Appui sur des essais expérimentaux dans le cadre du projet MATCHA et de projets pommier, permettant de tester la plateforme sur du matériel végétal soumis à des conditions environnementales contrastées.
• Des mesures physiologiques de référence seront réalisées parallèlement afin d'évaluer la pertinence biologique des indicateurs issus du phénotypage.